Фамилия Кошагачева — яркий пример тюркского следа в русском ономастиконе, причём след этот не заезженный, а довольно редкий. В её основе лежит прозвище или имя Кошагач, которое, скорее всего, состоит из двух тюркских корней: «кош» и «агач». «Кош» в тюркских языках может означать «пара», «вдвоём», «совместный», а также «шалаш», «временное жильё» (ср. «кош» — переносное жилище у кочевников). «Агач» — это «дерево» или «лес». Таким образом, исходное прозвище Кошагач могло относиться к человеку, жившему у «парного дерева» (приметное место), либо к тому, кто ставил свой шалаш у дерева, либо — по более прозаичной версии — к мастеру, делавшему из дерева каркасы для юрт или шалашей (коши).

Модель образования фамилии типична для регионов Поволжья, Урала и Сибири, где активно шло взаимодействие русского и тюркского населения. Суффикс «-ев» (после мягкой основы «ч») указывает на принадлежность: «чей?» — Кошагачев, то есть сын или потомок Кошагача. Окончание «-а» — это женская форма, от Кошагачева. Мужской вариант — Кошагачев.

Стоит отметить, что фамилия не входит в списки массовых дворянских или купеческих родов. Скорее всего, предки носительницы фамилии были государственными или ясачными крестьянами, казаками или служилыми людьми «по прибору» на южных или восточных рубежах России. Географически фамилия тяготеет к регионам бывшего Казанского ханства, Башкортостану и Оренбуржью, где смешение языков и культур было нормой. В современных телефонных справочниках и базах данных фамилия встречается единично, что подтверждает её редкость и хорошую сохранность исходной формы без искажений.