Фамилия Кощегулов — один из тех случаев, где слышится что-то зловещее, а на деле всё прозаичнее. Основа здесь — тюркское мужское имя Кощегул или Кошегул. В нём два корня: «кош» (в разных тюркских языках — «кочевье», «становище», «шалаш» или «пара») и «кул» («раб божий», «слуга», часто использовалось как компонент имён-оберегов). То есть имя Кощегул могло означать «слуга кочевья» или, что вероятнее, «тот, кто при кочевье» — человек, отвечавший за стоянку, за устройство временного жилья. Встречается и более бытовая трактовка: «кош» в значении «двойной, парный» — тогда имя давали второму, близнецу или позднему ребёнку.

Русский суффикс -ов превратил тюркское имя в фамилию по стандартной модели: «чей?» — Кощегулов, то есть сын или потомок Кощегула. Такие фамилии массово появлялись у татар, башкир, казахов и других тюркских народов после вхождения в состав Российского государства, когда понадобились документы и ревизские сказки. Кощегуловы — не дворянский род, а крестьянская или казачья фамилия, распространённая на Южном Урале, в Оренбуржье и Западной Сибири. Встречается она и у оренбургских казаков, которые нередко носили тюркские по происхождению фамилии.

Звуковое сходство со словом «кощей» (в древнерусском — «худой, тощий») породило народную этимологию: мол, предок был тощим или скупым. Но лингвистически это маловероятно: ударение в фамилии падает на третий слог (Кощегу́лов), а корень «кощей» давал бы иное оформление. К тому же у тюркского имени Кощегул есть прямые параллели в ономастиконе башкир и татар, где имена с частью «кул» — одни из самых частых (Ахметкул, Байкул, Уразкул).

Встречается вариант написания Кащегулов — через «а» в первом слоге, что отражает акающее произношение некоторых регионов. Но исторически верная форма — через «о», так как исходное тюркское имя писалось через «о» (Qoşqul). Редкость фамилии (по данным современных справочников, её носят не более нескольких сотен человек) говорит о том, что род Кощегуловых не был многочисленным и сохранился в основном в местах первоначального расселения.