Фамилия Кошекенова — яркий пример того, как географическая привязка и этническая принадлежность предков напрямую отразились в родовом имени. Её основа, Кошекен, — это не русское слово, а казахское мужское имя, имеющее прозрачную внутреннюю форму. Слово «кошекен» в тюркских языках означает «двойня», «близнец», буквально — «тот, кто родился вместе», от «кош» (пара, совместный). Таким образом, имя Кошекен могли дать одному из двойняшек или ребёнку, родившемуся сразу после близнеца, — такой обычай фиксируется во многих тюркских культурах, где имя становилось оберегом или просто фиксировало событие.

Суффикс -ов(а) в окончании указывает на то, что фамилия оформлена по русской патронимической модели. Это типичная ситуация для народов, вошедших в состав Российской империи: казахские имена русифицировали, добавляя окончание -ов/-ев, чтобы вписать их в систему официальных фамилий. При этом основа осталась полностью тюркской. Форма женского рода (Кошекенова) означает, что носительница — женщина, а мужской вариант — Кошекенов. Такая пара фамилий встречается в основном среди казахов, реже — у других тюркских народов Казахстана и приграничных регионов России (Оренбургская, Астраханская области).

Исходное имя Кошекен не было редким в казахской среде, но в качестве фамилии оно встречается относительно локально. Если обратиться к данным переписей и телефонным справочникам, основная масса носителей сосредоточена в южных и центральных областях Казахстана — Кызылординской, Туркестанской, Алматинской. Это позволяет предположить, что родоначальник семьи происходил из одного из казахских родов (жузов), где имя Кошекен было особенно популярно.

Словообразовательная модель здесь проста: личное имя → основа → русский суффикс принадлежности. Никаких редких суффиксов типа -их/-ых или -ский нет, что говорит о позднем (XIX — начало XX века) и массовом оформлении фамилии, когда документы писали чиновники, не вникавшие в тонкости тюркской антропонимики. Поэтому, в отличие от русских фамилий, которые могли застыть в форме прозвища, Кошекенова — это прямой патроним: «дочь (или потомок) Кошекена».

В трудах по ономастике, например в работах Т. Жанузакова по казахским именам, имя Кошекен упоминается как образованное от «кош» с уменьшительным аффиксом -кен. Версия, что основа связана с тюркским «кош» в значении «кочевье» или «переселение», менее вероятна: для такого значения обычно использовали бы форму «Кошкар» или «Кошкен», но не «Кошекен». Так что самая правдоподобная история — предок был близнецом или родился вскоре после двойни.