Фамилия Кошекова — женская форма фамилии Кошеков, и её происхождение сразу упирается в главный вопрос: от какого корня образована основа «Кошек»? Ответ не лежит на поверхности, и здесь возможны два основных пути, причём один из них почти наверняка ошибочный, если судить по типичной русской модели.

Первое, что приходит в голову — связь со словом «кошка». Казалось бы, логично: прозвище Кошек мог получить человек, похожий на кошку повадками или внешностью, либо любитель этих животных. Такие прозвища в русской среде действительно бытовали: в старинных документах встречаются и Кошкины, и Котовы. Однако фамилия Кошеков образована с помощью суффикса -ов, который в классической русской модели крепится к основе, оканчивающейся на согласный. Но основа «кошк-» здесь не просматривается: если бы фамилия пошла от прозвища Кошка, мы бы получили Кошкин, а не Кошеков. Суффикс -ев присоединяется к основам на мягкий согласный или на -й. Значит, исходное прозвище звучало как Кошек, а не Кошка.

Вторая версия снимает это противоречие и выглядит убедительнее. Кошек — это диалектная или просторечная форма имени или прозвища Коша. Имя Коша (уменьшительное от Константин, реже от Корней) было распространено в русских деревнях. От него образовывались фамилии Кошин, Кошев. Форма Кошек — это ласкательный вариант (как Саша — Сашек, Паша — Пашек). Суффикс -ек придавал имени уменьшительно-ласкательный оттенок, а затем к этой основе добавили патронимический суффикс -ов. Таким образом, Кошеков буквально означает «сын Кошека», то есть потомок человека, которого в быту звали ласково Кошей.

Географически фамилия Кошеков (и её женская форма) встречается не повсеместно, а скорее тяготеет к южным и центральным регионам России, а также к Поволжью. Встречается она и у тюркских народов, например, у татар и башкир, но там её этимология иная: она восходит к тюркскому имени Кошак или прозвищу со значением «кочевник» или «переселенец». В русском же контексте, если не притягивать за уши «кошку», версия с уменьшительным от имени Коша — самая прямая и лингвистически аккуратная.