Фамилия Костионова — редкий случай, когда разбор начинается не с корня, а с суффикса. Если бы фамилия звучала как Костин или Костиков, вопросов бы не возникло: от имени или прозвища Костя, то есть Константин. Но суффикс -онов- — аномалия для русской фамилии. В норме мы ждали бы Костин (суффикс принадлежности -ин), Костиков (уменьшительно-ласкательный -ик + -ов) или даже Костюков. Откуда же взялось -онов?

Здесь почти наверняка произошло искажение при записи. В XIX веке, когда крестьянам массово давали фамилии, писарь мог записать фамилию на слух: в говорах, где аканье сильное, безударное «и» звучит как нечто среднее, а «в» на конце могло оглушаться. Исходной формой, скорее всего, была Костионова — с суффиксом -ов, но основа не Костя, а Костион. Что такое Костион? Это либо западнорусская или украинская форма имени Константин (ср. Костюк, Костусь), либо, что правдоподобнее, прозвище от слова «кость» с суффиксом -ион, как, например, «костяной» или «костлявый». В таком случае Костион — человек с заметной костью, худой или, наоборот, крупнокостный.

Есть и вторая гипотеза, менее вероятная, но не отбрасываемая: фамилия могла образоваться от греческого имени Костион (Κωστίων) — уменьшительной формы от Константин, распространённой у греков Приазовья и в среде южнорусского духовенства. В этом случае Костионов — буквально «сын Костиона», а фамилия указывает на греческие корни предка. Но тогда написание устойчиво через «и» в первом слоге, и суффикс -ов закономерен.

Географически фамилия крайне редкая. По данным современных баз, Костионовы встречаются в основном на юге России и в Поволжье, что хорошо согласуется с версией о диалектной записи или греческом влиянии. Сословно — почти наверняка крестьянская или мещанская: в дворянских родословных книгах такая фамилия не фиксируется.

Таким образом, если ваш предок — Костионов, он мог быть либо крестьянином, чью фамилию писарь записал «на слух» от Костин или Костиков, либо потомком грека, переселившегося в Россию, либо человеком с прозвищем Костион — костлявый или костистый. Точнее сказать трудно без конкретной географической привязки и архивных записей, но ясно одно: фамилия не имеет отношения к «костям» в прямом смысле — она антропонимическая, от имени или прозвища.