Фамилия Костюченков — одна из тех русских фамилий, которые образованы не напрямую от полной формы крестильного имени, а от его народной, обиходной версии. В её основе лежит имя Костя, которое является сокращением от канонического имени Константин. Само Константин — греческого происхождения, означает «стойкий», «постоянный». Но путь от этого имени до фамилии чуть сложнее, чем кажется на первый взгляд.

Сначала имя Костя превратилось в форму Костюк. Суффикс -юк в восточнославянских фамилиях (особенно в украинской и белорусской традиции) часто указывал на молодого человека, сына или ученика: Костюк — это «маленький Костя» или «сын Кости». От этой основы образовали фамилию Костюченко — типичный украинский патроним с суффиксом -енко, означающим «чей-то потомок» или «сын». А вот финальный суффикс -ов в фамилии Костюченков — уже русское добавление. Такая двойная «русификация» встречается нечасто: носитель фамилии переехал на русские земли, и его украинскую фамилию Костюченко «обрусели», добавив окончание -ов, чтобы вписать её в привычную для северных территорий модель. То есть буквально Костюченков — это «сын Костюченко», внук или потомок того самого Кости.

По сути, фамилия прошла три ступени: от Кости до Костюка, от Костюка до Костюченко, и наконец — до Костюченкова. Такая словообразовательная цепочка — редкая деталь, которая сразу выделяет эту фамилию среди однокоренных (Костин, Константинов, Костюков). Она говорит о подвижности границ и смешении культур: предки человека с фамилией Костюченков, скорее всего, были выходцами с территории современной Украины или юга России, а затем закрепились в центральных или северных областях, где фамилию «подогнали» под местный стандарт.

Самого основателя рода, вероятно, звали просто Костей или Костюком — человеком, чьё имя указывало на стойкость и постоянство, но в быту его так и звали уменьшительно. Никаких сведений о сословии носителей фамилии в открытых источниках нет, но массовый характер таких фамилий говорит о том, что они были распространены среди крестьян и мещан — в дворянской среде чаще сохраняли полную форму имени в основе.