Фамилия Костюченкова — одна из тех, что образована от крестильного имени Константин. Имя это греческого происхождения, в переводе означает «стойкий, постоянный». В народе оно дало множество производных форм: Костя, Костюк, Костюня, Костюха. Фамилия Костюченков (а её женская форма — Костюченкова) восходит к одной из таких обиходных версий — Костюк или Костючок.

Словообразовательная модель здесь типична для русских фамилий, но с характерной деталью. Суффикс -енков (вместо более привычного -ов) указывает на то, что предок носителя фамилии, скорее всего, был человеком из простого сословия. Такие фамилии на -енков, -онков, -ченков особенно распространены на юге России, в Черноземье, на Смоленщине и в Белоруссии. В северных и центральных областях чаще встречались варианты на -ов (Костюков). Таким образом, Костюченков — это не просто «потомок Кости», а потомок человека, которого звали Костюк или уменьшительно Костючок.

Сама форма Костюченкова — это женский вариант фамилии, который в русской традиции закреплялся за женщинами и детьми. Мужская линия носила фамилию Костюченков. Изначально фамилия отвечала на вопрос «чей?»: Костюченков — значит «сын Костюка». Со временем она застыла в родовом значении, потеряв прямую связь с конкретным именем.

Интересно, что в некоторых говорах слово «костюк» могло означать не только человека по имени Костя, но и иметь переносное значение — «упрямец», «крепкий орешек». Это перекликается с исходным значением имени Константин («стойкий»). Вполне возможно, что прозвище Костюк давали не только по имени, но и по характеру.

Встречается фамилия и в вариантах Костюченко (характерно для Украины) и Костючков (с другим суффиксом). Однако форма Костюченков с суффиксом -енков — верный маркер того, что корни рода лежат в русской крестьянской среде, скорее всего, в южнорусских или западнорусских губерниях.