Фамилия Косячкина — женская форма фамилии Косячкин, и её разбор стоит начать с суффикса. Модель на -ин указывает на принадлежность: в древнерусской традиции так называли «сына такого-то» или «человека из семьи такого-то». В данном случае основа — Косячка, а это уменьшительно-ласкательная форма от прозвища или имени Косяк.

Корень «косяк» многозначен, и это даёт сразу несколько версий происхождения. Самая прямая — от слова «косяк» в значении «дверной косяк» или «оконный косяк». Прозвище Косяк могли дать плотнику или строителю, который делал косяки для дверей и окон. Такая версия правдоподобна, потому что ремесленные прозвища в русских фамилиях встречаются часто: Кузнецов, Плотников, Столяров — и Косячкин в этом ряду не исключение.

Другая версия — от «косяк» в значении «стадо, табун» (лошадиный косяк). Если предок был конюхом или пастухом, его могли прозвать Косяком. В некоторых говорах «косяк» означал также «кривой, косой человек» — от глагола «косить» или прилагательного «косой». Прозвище Косяк могло закрепиться за человеком с косоглазием или за тем, кто ходил вразвалку, косолапо. Но эта версия менее вероятна: для физического недостатка чаще использовали прямые формы вроде Косой или Косоглаз, а уменьшительное Косячка звучит скорее как ласковое обращение.

В ономастических справочниках фамилия Косячкин встречается редко, что указывает на её локальное бытование. Скорее всего, она возникла в одном из регионов центральной России или Поволжья, где слово «косяк» в значении «дверной брус» было особенно употребительно. Суффикс -к- в основе Косячка — типичный для русских уменьшительных форм, что говорит о неформальном, домашнем происхождении прозвища: человека звали не строго по ремеслу, а по-свойски, как Косячка.

Таким образом, фамилия Косячкина образована от прозвища Косячка, которое, скорее всего, относилось к плотнику или строителю. Менее вероятно, что корень связан с пастушеством или внешностью. В любом случае, это одна из тех русских фамилий, что рассказывают о занятии предка, а не о его родословной знатности.