Фамилия Косячкин образована от прозвища или мирского имени Косячка. Основа здесь — слово «косяк», которое в русских говорах имело несколько значений, и от того, какое из них легло в основу прозвища, зависит, кем мог быть предок.

Самая распространённая версия связывает прозвище с конским косяком — табуном лошадей. Косячником или Косячкой на Дону и в южных степях называли пастуха, который следил за косяком, или коневода, владельца табуна. В этом случае фамилия Косячкин указывает на занятие предка, связанное с коневодством. В пользу этой версии говорит активное бытование фамилии в казачьих регионах.

Вторая версия — от слова «косяк» в значении «дверной или оконный переплёт». Косячником называли плотника, делавшего оконные и дверные рамы. Прозвище могли дать и человеку с кривыми ногами («косяками»), или тому, кто косит глазами, но это менее вероятно: такие прозвища обычно давали в форме «Косой» или «Косоглаз», а не «Косячка».

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Косячкин — сын Косячки. Форма на -ин типична для фамилий, образованных от слов, оканчивающихся на -а/-я. Фамилия Косячкин не очень распространена, встречается в основном на юге России и в Поволжье, что косвенно подтверждает её связь с коневодством — традиционным промыслом в этих местах.

Стоит отличать Косячкина от однокоренных фамилий Косяков, Косяченко и Косяк. У них та же основа, но разные модели образования: Косяков — от прозвища Косяк (без уменьшительного суффикса), Косяченко — украинская фамилия с патронимическим суффиксом -енко, а Косяк могла остаться и без изменений.