Фамилия Котухова хранит память о занятиях предка. Её основа — прозвище Котух, которое, скорее всего, восходит к одноимённому существительному. В словаре В. И. Даля «котух» трактуется как «хлев для мелкого скота», а в белорусском языке это слово имеет значение «курятник, гусятник». Таким образом, прозвище относится к «профессиональным» именованиям и прямо указывает на род деятельности человека: предок современных носителей фамилии мог заниматься разведением домашнего скота или птицы, ухаживать за живностью в котухе.

Фамилия образована по стандартной русской модели притяжательных прилагательных: к основе Котух добавился суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — Котухов), а женская форма Котухова закрепилась за потомками по отцу. Подобные фамилии, возникшие от названий хозяйственных построек, встречаются реже, чем образованные от имён или ремёсел, — это делает Котуховых заметными на фоне соседей по деревне.

Прозвище Котух закрепилось за человеком как наиболее употребительное, вытеснив крестильное имя, и со временем перешло в фамилию. Потомок человека, который заведовал хлевом или птичником, со временем получил фамилию Котухова — и она по сей день хранит память о происхождении и бытовом укладе рода.