Фамилия Котюжанский — одна из тех, что сразу выдают географическое происхождение носителя. Её основа — топоним, а суффикс -ский указывает на связь с местом, откуда человек родом или где владел землёй. В русской ономастике такие фамилии чаще всего принадлежали дворянству или духовенству, но не обязательно: землевладельцы и выходцы из сёл тоже получали прозвания по месту жительства.

Корень фамилии — Котюжан- — восходит к названию населённого пункта. Скорее всего, это Котюжаны — село или местечко, которое встречается на исторических землях Подолья и Волыни (современная Украина и Молдова). Само название Котюжаны, вероятно, происходит от прозвища Котюга или Котюжа — уменьшительной формы от «кот» с пренебрежительным или ласкательным оттенком. В западнорусских говорах «котюга» могло означать большого кота, бродягу или человека с кошачьими повадками. Впрочем, не исключено и влияние молдавского или румынского языков, где «cotoi» — кот, а «cotoian» — кошачий, что даёт ещё одну версию: фамилия могла возникнуть на стыке славянской и романской традиций.

Модель образования типична для польско-украинского пограничья: основа + суффикс -ан(ин) + -ский. Сначала жителя Котюжан называли Котюжанином, а затем фамилия оформилась как Котюжанский. Такие фамилии часто фиксировали в реестрах шляхты Речи Посполитой, но встречались и среди крестьян, переселившихся в другие губернии. В России фамилия редкая, её можно встретить в центральных областях и на юге, куда переселялись выходцы с запада в XIX веке.

Споров вокруг этимологии почти нет: все версии сходятся на «коте» как основе, разница лишь в том, шло ли прозвище от человека или от названия села. Второе правдоподобнее, потому что суффикс -ский редко образуют напрямую от прозвищ — чаще от мест. Так что предки Котюжанских, скорее всего, жили в селе Котюжаны и получили фамилию по месту, а не по характеру. Если же копнуть глубже, то в польских источниках встречается форма Kotiużański — с ударением на второй слог, что подтверждает западнославянское происхождение.