Фамилия Котюжан — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не профессия, а, скорее всего, географический признак, превратившийся в прозвище. Её происхождение напрямую связано с украинским или южнорусским словом «котюга» — так в диалектах называют большую кошку, кота-переростка, или же, в переносном смысле, бродягу, гуляку. Суффикс -ан (встречается в формах -ан, -ян) в восточнославянских фамилиях часто указывает на принадлежность или характерный признак: Котюжан — это буквально «тот, кто связан с котюгой», то есть либо человек, похожий на большого кота (например, лохматый или вальяжный), либо тот, кого так дразнили за любовь к кошкам или за бродячий образ жизни.

Вторая, менее очевидная версия, отсылает к топонимике. В Западной Украине и Молдове встречаются микротопонимы с корнем «котюж» — например, урочища или названия ручьёв. В этом случае фамилия могла образоваться от названия местности, где жил первопредок. Суффикс -ан здесь работает как указатель на выходца оттуда: «Котюжан» — «тот, кто из Котюжа». Эта версия правдоподобна, если учесть, что фамилия распространена в Черновицкой области и соседних районах Молдовы, где такие названия не редкость.

Словообразовательная модель «основа + -ан» характерна для украинской и молдавской ономастики. В русских фамилиях чаще встречается суффикс -ов/-ев, а вот -ан выдает южное или западное происхождение. Фамилия Котюжан не получила широкого распространения за пределами исторической Буковины и Бессарабии, что говорит о её локальном, «гнездовом» характере: скорее всего, все носители — потомки одной семьи или выходцев из одного села.

Спор между версиями решается просто: если у фамилии есть документально зафиксированная географическая привязка (например, село Котюжаны в Молдове), то топонимическая версия становится основной. Если таких данных нет, логичнее считать, что прозвищная версия первична — прозвище «Котюга» давали человеку, а его дети стали Котюжанами. В любом случае, корень ясен: он связан с образом кота, большого, вольного или лохматого.