Фамилия Ковалышкин образована от прозвища Ковалышка, которое ведет свое начало от славянского нарицательного «коваль (или ковель)» со значением «кузнец». Очевидно, прозвище Ковалышка относится к числу «профессиональных» именований, содержащих указание на род деятельности основателя фамилии. Так и прозвище Ковалышка закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Ковалышкин. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Ковалышка, со временем получил фамилию Ковалышкин.