Фамилия Ковалышкин образована от прозвища Ковалышка. В основе лежит славянское слово «коваль» (или «ковель») — кузнец. Это типичная «профессиональная» фамилия: предок носителя, скорее всего, работал кузнецом, и это занятие закрепилось за ним как основное прозвище.

Обратите внимание на необычный суффикс -ышк-. В русских фамилиях он встречается редко. Обычно в подобных случаях используют -к- (Ковальков) или -енк- (Коваленко). Суффикс -ышк- вносит уменьшительно-ласкательный или, возможно, ироничный оттенок. Ковалышка — это не просто «кузнец», а скорее «кузнечик» или «молодой кузнец». Такая форма могла закрепиться за сыном кузнеца или за самим мастером небольшого роста.

Фамилия западного происхождения. Слова «коваль» и «ковель» особенно распространены в украинском, белорусском и польском языках (ср. польск. kowal). В центральных и северных русских говорах кузнеца обычно называли «ковач» или просто «кузнец». Поэтому Ковалышкины, вероятно, ведут род из западных регионов исторической России — с территории современной Украины, Белоруссии или западных областей России (Брянщина, Смоленщина).

Модель образования проста: прозвище Ковалышка → фамилия Ковалышкин (притяжательный суффикс -ин, отвечающий на вопрос «чей?» — сын Ковалышки). Со временем прозвище перестало употребляться, уступив место фамилии, которая теперь указывает на род занятий далекого предка.