Фамилия Ковалышев образована от прозвища Ковалыш, а то, в свою очередь, — от нарицательного «коваль», то есть «кузнец». Потомок человека с таким прозвищем со временем и получил фамилию Ковалышев.

Основа здесь ясна: «коваль» — общеславянское название кузнеца, одно из древнейших ремесленных прозвищ. Но интересен суффикс. В русских фамилиях чаще встречается модель Ковалёв (от «коваль» напрямую) или Ковальчук (с уменьшительным суффиксом). Ковалышев же стоит в ряду фамилий на -ыш, которые в восточнославянской ономастике обычно указывают на молодого человека или ученика: парнишка, крепыш, малыш. Соответственно, Ковалыш — это, скорее всего, не просто «кузнец», а «кузнец-подмастерье», «сын кузнеца» или «молодой кузнец». Так прозвище могло закрепиться за младшим членом кузнечной династии или за человеком, который только начинал осваивать ремесло.

Регионально фамилия тяготеет к южнорусским и украинским говорам, где слово «коваль» было в ходу повсеместно, в отличие от северных областей, где кузнеца чаще называли «кузнец» или «кузнецов». Суффикс -ышев (фонетический вариант -ышев) встречается реже, чем -ёв или -ин, поэтому Ковалышев — фамилия заметная, нечастотная, но с прозрачной этимологией. Предок её носителя был не просто кузнецом, а, по всей видимости, молодым подмастерьем, чьё прозвище со временем закрепилось за родом.