Фамилия Ковалышена — женская форма фамилии Ковалышен, и её разбор стоит начать с суффикса, который сразу выдает географию. Суффикс -ен- в русских фамилиях встречается реже, чем привычные -ов или -ин, и чаще всего указывает на западнорусские или украинско-белорусские корни. В данном случае основа «Ковалыш» восходит к прозвищу или профессии: «коваль» на украинском, белорусском и в южнорусских говорах означает «кузнец». Суффикс -ыш- (как в «ковалыш») — уменьшительно-ласкательный или указывающий на молодое существо, то есть Ковалыш — это «маленький кузнец», «сын кузнеца» или «подмастерье». Таким образом, Ковалышена буквально означает «жена или дочь Ковалыша», а сам Ковалышен — «чей-то сын кузнеца».

В отличие от распространённой модели Ковалёв (от «коваль» + -ев), фамилия Ковалышен сохранила более архаичную и диалектную форму. Это позволяет предположить, что предки носителей фамилии жили на территории современной Украины, Беларуси или в пограничных с ними областях России (Брянская, Смоленская, Курская губернии). В этих краях «коваль» было основным словом для кузнеца, а «ковалыш» бытовало как прозвище младшего члена кузнечной артели или просто как фамильное прозвище, переданное по наследству.

Словообразовательная цепочка проста: коваль (кузнец) → ковалыш (маленький кузнец, сын) → Ковалышен (чей? — сын Ковалыша) → Ковалышена (жена или дочь Ковалышена). Фамилия недворянская, скорее всего, крестьянская или мещанская, так как суффикс -ен- в русской ономастике характерен для фамилий, оформленных по модели «чей?», но не через -ов, а через более редкий патронимический суффикс, что встречается в основном у простых сословий. В словарях Б. Унбегауна подобные формы (с -ыш- и -ен-) отмечаются как типичные для украинской и белорусской антропонимии, перешедшие в русскую среду.

Географически фамилия редкая: по современным данным, Ковалышены встречаются точечно, преимущественно в центральной России и на юге, что подтверждает миграцию из западных регионов. Если вы ищете свои корни, стоит обратить внимание на переписи XIX века по Черниговской, Могилёвской или Смоленской губерниям — там могла быть записана исходная мужская форма Ковалышен. Вариант написания с буквой «ы» после «в» (Ковалышен, а не Ковалишен) тоже показателен: он сохраняет старую орфографию, где «ы» звучало твёрдо, как в диалектном произношении.