Фамилия Ковалишена — яркий пример того, как профессиональное прозвище обрастало семейными суффиксами и меняло грамматический род. В основе лежит общеславянское «коваль» — кузнец. Это одно из самых распространённых ремесленных прозвищ в Восточной Европе, но форма Ковалишена выделяется из ряда стандартных Ковалёв, Ковальчук или Ковальский.

Ключ к разгадке — суффикс -иш- и окончание -а. В русской ономастике суффикс -иш- часто имеет увеличительное или эмоционально-оценочное значение (ср. «домище», «ручища»). В фамилиях он мог закрепиться за человеком, которого в селе звали Ковалище — то есть «большой кузнец», «главный кузнец» или просто с оттенком уважения/иронии. Финальное -а указывает, что перед нами форма родительного падежа женского рода: «Чья будешь? — Ковалишена». Так в русской традиции оформляли фамилии жён и вдов: жена Ковалищи — Ковалишена, вдова Ковалищи — тоже Ковалишена. Позже фамилия закрепилась за потомками как неизменяемая.

Географически фамилия редкая и тяготеет к южнорусским и украинским говорам, где слово «коваль» — основное обозначение кузнеца, в отличие от северных «кузнец». Встречается в Воронежской, Ростовской областях и на Кубани. В украинских метрических книгах XIX века форма «Ковалишенко» (с патронимическим суффиксом -енко) встречается чаще, а «Ковалишена» — это уже русифицированный вариант той же основы.

Сравнение с однокоренными фамилиями: Ковалишин (на -ин от «Ковалища»), Ковалищев (на -ев) — все они восходят к одному прозвищному корню, но Ковалишена — единственная, сохранившая женскую грамматическую форму в качестве родового имени. Это не ошибка писаря, а архаичная черта, когда фамилия фиксировала не отца, а мать или вдову. Если ваш предок — Ковалишена, скорее всего, он потомок женщины, которую в округе знали как «Ковалищину жену», и это прозвище стало фамилией для её детей.