Фамилия Ковалышен — редкий пример того, как восточнославянская ремесленная основа приращивается западным суффиксальным элементом. В основе лежит «коваль» — кузнец, слово, широко распространённое в украинском, белорусском и южнорусском говорах. В отличие от литературного русского «кузнец», «коваль» — это именно народное, диалектное название мастера по металлу. От него и пошли десятки фамилий: Коваль, Коваленко, Ковалёв, Ковальчук. Ковалышен стоит в этом ряду особняком.

Необычность фамилии — в суффиксе -ышен. Чаще всего фамилии на -ишин/-ышин образуются от имён или прозвищ с основой на шипящий: Гришин (от Гриша), Мишин (от Миша). В нашем случае основа «Коваль» на шипящий не оканчивается. Значит, перед нами не отчество от имени, а скорее модель, характерная для польской или белорусской ономастики. Суффикс -ыш (Ковалыш) мог обозначать сына или ученика кузнеца, а добавление -ен дало форму «Ковалышен» — то есть «принадлежащий Ковалышу». Другими словами, предок носителя фамилии — не просто коваль, а Ковалыш, чей сын стал Ковалышеном.

Географически фамилия тяготеет к западу и юго-западу исторической России: Беларусь, Смоленщина, Брянщина, Украина. В центральных великорусских губерниях «коваль» не был основным словом, поэтому и фамилии от него там встречаются реже, а форма Ковалышен — и вовсе единичная. Встречается также вариант написания Ковалишен, что связано с колебанием гласных в безударной позиции.

С точки зрения социальной истории, Ковалышены — потомки не просто кузнецов, а, скорее всего, сельских мастеровых, которые жили в местечках или слободах. Кузнечное ремесло на Руси ценилось высоко, но фамилия не указывает на дворянство или привилегированное сословие: это типичная «ремесленная» фамилия, каких тысячи. Редкость же формы делает её своеобразным маркером: Ковалышен почти наверняка укажет на корни в западнорусском или белорусском регионе, где язык и словообразование сохранили архаичные черты.