Фамилия Ковбунова — женская форма, а её мужской вариант — Ковбунов. В основе лежит прозвище Ковбун, и здесь нет единой версии происхождения, зато есть несколько диалектных корней, каждый из которых рисует портрет предка с разных сторон.

Самая прямая связь — с украинским словом «ковбаня» (колдобина, глубокая выбоина на дороге или яма в реке, озере). Если следовать этой версии, Ковбуном называли человека, жившего у ухабистой дороги или возле омута. Прозвище давали по месту жительства — распространённый приём в среде крестьян и казаков.

Другая версия уводит в диалектное слово «ковбик». В одном значении это рубец, шрам. Тогда прозвище мог получить человек, у которого после боя или тяжёлой работы на теле остались заметные рубцы. Но у того же «ковбика» есть и второе, бытовое значение — желудок. В таком случае Ковбуном дразнили любителя плотно и сытно поесть, и прозвище носило шутливый характер.

Третья гипотеза связывает прозвище со словом «ковбаса». Здесь всё просто: предок мог быть колбасником — либо торговал готовым продуктом, либо сам занимался изготовлением. Это относит фамилию к разряду «профессиональных» прозвищ, которые часто становились основой для родовых имён.

Фамилия образована по стандартной восточнославянской модели: к основе Ковбун добавили суффикс -ов (в женском варианте -ова). Такая схема характерна для русских, украинских и белорусских фамилий, сложившихся в XVII–XIX веках. Словообразовательно фамилия проста и прозрачна, без редких суффиксов, что говорит о её народном, а не искусственном происхождении.

Однозначно выбрать одну из версий мешает отсутствие письменных источников конкретно по этому прозвищу в старых переписях. Но если опираться на частоту и типичность, версия с «ковбасой» выглядит слабее остальных: она требует дополнительного звукового перехода, тогда как «ковбаня» и «ковбик» фонетически куда ближе к форме Ковбун.