Фамилия Ковбун — редкий случай, когда прозвище, перешедшее в фамилию, почти без изменений сохранило свою украинскую огласовку. Её основа — украинское слово «ковбун», которое в разных говорах могло означать человека, занимающегося ковкой металла, то есть кузнеца. Это южнорусский вариант более привычного северного «кузнец»: в украинском языке переход «у» в «о» («кувати» — «ковати») дал иное звучание ремеслу. Таким образом, первый носитель фамилии Ковбун, скорее всего, был мастером по металлу в одном из сёл современной Украины или южных областей России.

Словообразовательная модель здесь прозрачна, но нестандартна для русских фамилий. Суффикса -ов, -ин, -ский нет — фамилия застыла в форме чистого прозвища (так называемая «украинская бессуффиксная модель»). В украинской ономастике это обычное явление: Коваль, Гончар, Швець. В русском же языке такие фамилии встречаются реже и часто указывают на прямое заимствование прозвища из украинской среды, без последующей русификации через суффиксы. Если бы фамилия оформилась по русскому образцу, мы бы имели Ковбунов или Ковбуновский.

Географически фамилия Ковбун тяготеет к регионам, где исторически было сильно украинское влияние: Черниговщина, Полтавщина, Слобожанщина, а также юг России (Кубань, Ростовская область). Встречаемость фамилии невысокая, что подтверждает её локальный характер. В дореволюционных метрических книгах она фиксируется в основном среди крестьянского и казачьего сословий, что логично: кузнечное ремесло в сельской местности было востребовано, но не давало привилегий.

В ономастических справочниках фамилия Ковбун не получила широкого разбора, но её однокоренные «близнецы» — Коваль, Коваленко, Ковалёв — описаны в работах Б. Унбегауна и В. Никонова. Ковбун стоит в том же ряду, но с более узкой диалектной привязкой. Спорных версий происхождения практически нет: все лингвисты сходятся на ремесленной основе, а попытки связать фамилию с тюркскими корнями (например, с «кобун» — «овчар») выглядят натяжкой, так как фонетика и ареал распространения указывают именно на славянский пласт.