Фамилия Ковкун — один из тех случаев, когда прозвище, лёгшее в основу, указывает на профессию, а не на личную черту. В её основе лежит глагол «ковать», и чаще всего так называли кузнеца. Это одна из самых древних и уважаемых профессий на Руси: кузнец работал с огнём и металлом, делал оружие, инструменты, подковы, и его мастерство ценилось наравне с ремеслом лекаря или священника.

Менее вероятная, но возможная версия связывает прозвище с прилагательным «ковкий» — податливый, легко меняющий форму. В этом случае Ковкуном могли прозвать человека уступчивого, мягкого по характеру, который легко поддаётся чужому влиянию. Однако такая трактовка встречается реже: суффикс -ун в русских прозвищах чаще закреплялся за активными действиями (бегун, крикун, плясун), а не за пассивными качествами. Кузнец, постоянно занятый ковкой, — более естественный кандидат на такое прозвание.

Сама модель образования фамилии типична для украинской и южнорусской ономастики. Суффикс -ун образует имена деятеля, а нулевое окончание указывает на то, что фамилия не проходила через стандартную русификацию с добавлением -ов или -ин. Ковкун — это не «сын Ковкуна», а сам Ковкун, что характерно для прозвищных фамилий, которые закрепились в документах без изменений. Такие фамилии особенно часты на Левобережной Украине и в приграничных областях России — в Черниговской, Полтавской, Курской губерниях.

Дополнительный штрих: в говорах слово «ковкун» могло обозначать не только человека, но и инструмент — молот или зубило для ковки. Если прозвище дали по инструменту, то его носитель, скорее всего, был либо кузнецом, либо человеком с тяжёлым, «ударным» характером. Но эта версия остаётся гипотетической: письменных подтверждений такого значения в диалектных словарях немного.

Таким образом, Ковкун — фамилия, которая прямо говорит о роде занятий предка. Она не переосмыслена, не облагорожена суффиксом принадлежности и сохранила первоначальную прозвищную форму. Это редкий для русских фамилий случай, когда профессия читается без посредников.