Фамилия Кочкун — редкий пример фамилии, образованной от прозвища с помощью суффикса -ун. Этот суффикс в русском языке обычно указывал на деятеля, склонного к какому-либо действию или обладающего определённым качеством: говорун, ворчун, бегун. Кочкун — это тот, кто «кочкает», то есть делает кочки, или как-то иначе связан с этим словом.

Основное значение прозвища Кочкун лежит на поверхности: «кочка» — бугорок на болотистой почве. В говорах слово «кочкать» означало «сбивать в комья», «делать неровным», а «кочкун» могло относиться к человеку с неровной походкой, прихрамывающего, словно ступающего по кочкам. В ономастике такое объяснение считается основным: прозвище давали либо хромому, либо неуклюжему, косолапому человеку.

Менее очевидная, но возможная версия — связь с диалектным словом «кочка» в значении «куча, ворох». В этом случае Кочкун мог быть прозвищем кого-то, кто наваливает, сгребает что-то в кучи — например, работника на сенокосе или на стройке. Однако глагольная модель «кочкать» (сбивать вместе) делает первую версию более правдоподобной.

Географически фамилия Кочкун встречается очень локально. По данным современных справочников, она привязана к югу России и Украине, особенно к Донбассу и прилегающим областям. Это косвенно указывает на украинское или южнорусское происхождение прозвища. В украинском языке «кочка» также означает «кочка», а суффикс -ун распространён шире, чем в северных говорах.

С точки зрения сословной принадлежности, фамилия Кочкун, скорее всего, крестьянская или казачья. Она не встречается в списках дворянских родов, и её простонародная модель (прозвище + суффикс) типична для среды, где фамилии закрепились поздно, в XVIII–XIX веках, через прозвища, данные по внешности или поведению.

Таким образом, предок носителя фамилии Кочкун, вероятно, получил прозвище за особенность походки — хромоту или неуклюжесть, — и это прозвище закрепилось как фамилия в южнорусских или украинских землях.