Фамилия Кочкунов — яркий пример того, как русская фамилия может быть построена на прозвище, связанном с внешностью или манерой поведения. В её основе лежит слово «кочка» — в прямом смысле бугорок на болоте или неровность на дороге. Однако прозвище Кочка вряд ли давали человеку за любовь к болотистой местности. Скорее всего, так называли человека невысокого роста, коренастого, плотного — этакого «кочкуна», который словно врос в землю. В некоторых говорах «кочкой» называли также упрямого, несговорчивого человека, который «упирается как кочка».

Словообразовательная модель типична для русского севера и центральных областей: суффикс -ун- активно использовался для образования прозвищ по характерному признаку (ср. «молчун», «крикун», «топтун»). Таким образом, «Кочкун» — это человек, напоминающий кочку, либо по фигуре, либо по поведению. Фамилия образована через притяжательный суффикс -ов, отвечающий на вопрос «чей?», то есть «сын Кочкуна». Это указывает на то, что фамилия сформировалась в среде крестьянства и посадских людей, где отчество по прозвищу отца становилось родовым именем.

Интересно, что фамилия Кочкунов не имеет отношения к птице «кочка» (так в некоторых местах называли мелких куликов) — это редкий и локальный вариант, который мог бы дать ту же форму, но маловероятен из-за отсутствия широкого бытования такого названия. Более правдоподобно, что прозвище возникло в среде земледельцев или охотников, где наблюдательность к деталям внешности была обычным делом.

Географически фамилия встречается преимущественно в центральных и северных регионах России, особенно в бывших Новгородской и Вологодской губерниях. Встречаются также варианты написания — Кочкунов и Кочкунов (с ударением на второй слог), что связано с местными диалектными особенностями произношения. В дореволюционных переписях носители фамилии числились в основном крестьянами и мещанами, что подтверждает её «низовое» происхождение.