Фамилия Ковкунов — редкий случай в русской ономастике, где прозвищная основа не очевидна на первый взгляд. В отличие от распространённых «ремесленных» фамилий вроде Кузнецов или Плотников, здесь корень «ковкун» требует разбора. Самая вероятная версия: от глагола «ковать» с суффиксом -ун, который в русском языке образует названия лиц по характерному действию (бегун, ворчун, молчун). Ковкун — это тот, кто куёт, то есть кузнец. Но почему не Кузнецов? Дело в том, что в северных и сибирских говорах слово «ковкун» употреблялось как местное обозначение кузнеца, кузнечика, а иногда — человека с необычной, «звенящей» походкой или речью.

Интереснее другое: суффикс -ун (-унъ) в древнерусских прозвищах часто имел оттенок насмешки или постоянного свойства. Ковкуном могли прозвать не просто кузнеца, а человека, который «куёт» языком — болтуна, пустомелю, того, кто «куёт слова». Такая параллель встречается в диалектах: «ковыкать» — говорить невнятно, запинаться. Вторая гипотеза, менее популярная, но имеющая право на жизнь: фамилия могла возникнуть от тюркского слова «ковкун» (ковыль, сухая трава) — в южных степных регионах так могли прозвать человека с жёсткими, торчащими волосами или сухощавого.

Словообразовательная модель типична для русских фамилий: прозвище Ковкун + патронимический суффикс -ов, означающий «сын Ковкуна» или «из рода Ковкуновых». По географии: фамилия встречается преимущественно в Поволжье и на Урале (Пермский край, Кировская область, Татарстан), что косвенно подтверждает «кузнечную» версию — эти регионы исторически славились кустарной металлообработкой. В дворянских родословных книгах Ковкуновы не значатся, что указывает на крестьянское или мещанское происхождение. Интересно, что в переписях XVIII века фамилия иногда писалась через «а» — Кавкунов, что может быть связано с акающим произношением или путаницей с украинским «кавкати» (каркать).