Фамилия Ковкин образована от прозвища Ковка, а оно, в свою очередь, — от глагола «ковать». Самая прямая версия: так могли прозвать кузнеца, мастера по металлу. Кузнечное дело в старину было на особом счету — кузнеца уважали и побаивались, считая его едва ли не колдуном, подчинившим огонь и железо. В этом случае фамилия Ковкин — профессиональная, как Кузнецов, Кузнецов или Ковалёв, но с другим суффиксом.

Есть и второй смысловой оттенок. Прозвище Ковка могли дать не по ремеслу, а по характеру. Прилагательное «ковкий» значит «податливый, мягкий, удобный для обработки». В переносном смысле — уступчивый, сговорчивый человек, которого легко «гнуть» под себя. Такая характеристика тоже могла закрепиться в прозвище, а затем перейти в фамилию.

Фамилия образована по типичной русской модели: к основе (Ковк-) добавили притяжательный суффикс -ин, который отвечал на вопрос «чей?» — чей сын? Ковкин. Эта модель чаще встречается в северных и центральных областях России, в отличие от южной модели на -ов/-ев. Поэтому фамилия Ковкин географически более характерна для северных и среднерусских говоров.

Встречается и вариант написания с одной «к» — Ковин, но он редок и может быть связан с другим корнем (от слова «ковш» или от имени Кова). Для фамилии Ковкин основа «ковк-» — прозрачная и прямо указывает на действие или свойство, а не на предмет.