Фамилия Ковунов — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти не скрыто за суффиксами. В ней нет ни сложной морфологии, ни очевидной географической привязки, зато есть прозрачная и неожиданная связь с миром растений.

Корень здесь — «ковун». Так в южных и западных русских говорах, а также в украинском языке называли арбуз. Слово это звукоподражательное: считается, что оно произошло от глагола «ковать» или «ковылять» — якобы из-за твёрдой корки, которую трудно раскусить, или из-за того, что плод «ковыляет» по земле, когда его везут. Прозвище Ковун могли дать человеку, который выращивал арбузы, торговал ими или просто отличался круглой, плотной фигурой. Второе менее вероятно, но тоже возможно: в некоторых диалектах «ковун» — это неуклюжий, неповоротливый человек.

Модель образования — патронимическая, через суффикс -ов, который в русском языке означает «сын такого-то» или «принадлежащий такому-то». Ковунов — буквально «сын Ковуна». Фамилия закрепилась в среде крестьян и мещан, где прозвища по занятиям и внешним признакам были нормой. В дореволюционных переписях носители фамилии встречаются в основном на юге России, в Черноземье и на Кубани — там, где арбузы были привычной бахчевой культурой.

Интересно, что фамилия Ковунов стоит в одном ряду с однокоренными, но более редкими Кавунов (с украинским «кавун») и Ковуненко. Все они — следствие той же диалектной особенности, которая в центральных областях дала бы фамилию Арбузов. Однако Ковунов сохранила локальный колорит и сразу указывает на южное происхождение рода. В современных телефонных справочниках и базах данных она встречается нечасто, что делает её своеобразным маркером: если вы Ковунов, ваши предки почти наверняка жили в зоне бахчеводства и занимались земледелием.