Фамилия Ковчунов — один из тех случаев, когда внешне простая основа таит в себе сразу несколько версий происхождения, и выбрать главную можно только через контекст. В центре внимания здесь корень «ковч-», который в русских говорах звучит по-разному и отсылает к разным реалиям.

Самое очевидное и распространённое объяснение — связь с профессией или прозвищем Ковчун. В южнорусских и украинских диалектах «ковч» или «ковчець» — это кузнечный мех, инструмент для нагнетания воздуха в горн. Соответственно, Ковчуном могли прозвать кузнеца, либо мастера, изготавливающего меха. Модель образования фамилии проста: прозвище на -ун (Ковчун) плюс типичный русский патронимический суффикс -ов, означающий «сын Ковчуна» или «из семьи Ковчуна». Это делает фамилию профессиональной по происхождению, что характерно для ремесленных династий.

Однако есть и менее очевидная, но не менее интересная версия. В некоторых говорах «ковч» или «ковчец» — это ковш, черпак, большая ложка. Прозвище Ковчун могли дать человеку с большой ложкой, либо, иносказательно, любителю поесть или, наоборот, щедрому хозяину, который не жалел еды. Такое прозвище — типичный пример бытовой номинации по характерному предмету или действию. Если принять эту версию, фамилия Ковчунов оказывается в одном ряду с Ложкиными, Ковшовыми и Черпаковыми.

Стоит упомянуть и редкую возможность: связь с церковнославянским «ковчег». В этом случае Ковчун могло быть уменьшительно-пренебрежительным прозвищем от «ковчег» — то есть «маленький ковчег», «сундучок». Но эта версия менее убедительна, поскольку суффикс -ун редко образует уменьшительные формы от существительных среднего рода.

Географически фамилия Ковчунов тяготеет к югу России и Украине, где диалектные формы «ковч» и «ковчець» были в ходу. Встречается она нечасто, что говорит о локальном происхождении — скорее всего, от одного прозвища в конкретной местности. В архивных записях, например, по Воронежской и Курской губерниям, можно найти отдельные упоминания крестьян и мещан с такой фамилией, что подтверждает её «низовое», ремесленное или бытовое, а не дворянское происхождение.

Таким образом, Ковчунов — фамилия с прозрачной словообразовательной моделью, но с двойным дном в значении корня. Скорее всего, предок носителя был человеком, связанным с кузнечным делом или, что чуть менее вероятно, получил прозвище по предмету домашней утвари.