Фамилия Ковгунов образована от прозвища Ковгун. Скорее всего, оно восходит к украинскому нарицательному «ковганка» - так называли деревянную ступу для толчения сала. Поэтому можно предположить, что основатель рода Ковгуновых был ремесленником и занимался изготовлением различной хозяйственной утвари. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Ковгун, со временем получил фамилию Ковгунов.