Фамилия Ковгунов происходит от прозвища Ковгун. В основе, скорее всего, лежит украинское слово «ковганка» — так называли деревянную ступу для толчения сала. Человек, получивший такое прозвище, мог быть мастером, который делал подобную хозяйственную утварь. То есть предок носителей фамилии занимался ремеслом, изготавливал нужные в быту вещи из дерева.

Модель образования простая: к прозвищу Ковгун добавили типичный русский суффикс принадлежности -ов. Фамилия отвечает на вопрос «чей?» — «сын Ковгуна». Это одна из самых распространённых моделей в русской ономастике, характерная для крестьянских и мещанских фамилий центральной России и южных регионов.

Интересно, что в украинском языке есть и другое слово — «ковган», которое могло означать не только ступу, но и самого человека с крупной головой или грузной фигурой. Прозвище могло закрепиться и за тем, кто напоминал окружающим эту громоздкую деревянную вещь — медлительностью или внешностью. Оба варианта правдоподобны, но ремесленная версия выглядит конкретнее: прозвища по профессии давали чаще, чем по случайному сходству.

Фамилия редкая. Встречается преимущественно на юге России и в восточных областях Украины — там, где исторически было распространено салотопное производство и соответствующая утварь. В документах XVII–XVIII веков фамилия не фиксируется, что говорит о её относительно позднем оформлении — скорее всего, в среде крестьян или однодворцев.