Фамилия Ковгунова — женская форма фамилии Ковгунов. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Ковгун. Слово «ковгун» или «ковгунь» в русских говорах, особенно южнорусских и донских, означало «кузнец» или «коваль». Это прямая профессиональная характеристика: предок носителя фамилии занимался кузнечным делом. Связь с кузнецами прослеживается и в других фамилиях — Ковалёв, Коваль, Кузнецов, но Ковгунов стоит особняком: суффикс -ун- указывает на деятеля по характерному действию (ср. бегун, хвастун). То есть Ковгун — не просто «кузнец», а «тот, кто куёт», с оттенком активного занятия.

Фамилия редкая. Её ареал — преимущественно юг России: Ростовская область, Краснодарский край, Ставрополье. Встречается также у украинцев (в украинском языке «ковгун» — то же значение). Окончание -ова в женской форме, как и в мужской -ов, типично для русских фамилий, образованных от прозвищ на твёрдый согласный. Модель простая: основа Ковгун + патронимический суффикс -ов (чей? — сын Ковгуна). Никакой альтернативной этимологии, вроде тюркских корней, для этой фамилии всерьёз не предлагается — связь с кузнечным ремеслом лежит на поверхности и подтверждается диалектной лексикой.

Сословное происхождение не установлено, но кузнецы на Руси были ремесленниками, часто — посадскими или крестьянами. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. В дореволюционных источниках фамилия почти не встречается, что говорит о её позднем закреплении (скорее всего, в XIX веке, при массовом присвоении фамилий бывшим крепостным). В современной России Ковгунова — фамилия, которую можно встретить в единичных семьях, и каждый её носитель сохраняет память о предке-кузнеце.