Фамилия Ковганова — яркий пример того, как украинская фонетика повлияла на русскую письменность. В её основе лежит прозвище Ковган, которое, скорее всего, является фонетическим вариантом слова «колган». По словарю Владимира Даля, «колган» — это «грубой выделки посудина, разного вида», то есть неказистая деревянная или глиняная утварь. Согласно правилам украинского языка, твёрдый звук «л» перед согласной произносится как «в» и иногда так же пишется. Так «Колган» на письме превратился в «Ковган», а затем в фамилию Ковганова.

Прозвище Ковган (или Колган) могло закрепиться за человеком по-разному. Первая версия — ремесленная: предок мог быть мастером, который делал такую грубую посуду или хозяйственную утварь. Вторая версия — бытовая: прозвище могли дать небогатому хозяину, в обиходе которого была именно такая, простая и неказистая, посуда. Кроме того, существует и украинское слово «ковганка» — так называли деревянную ступу для толчения сала. Если основатель рода занимался изготовлением подобных ступ или другой домашней утвари, прозвище Ковган могло возникнуть и по роду его занятий.

Таким образом, фамилия Ковганова образована по стандартной модели: к основе прозвища Ковган добавился типичный русский суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей потомок?» — Ковганов), а окончание -а обозначает женскую линию рода. В русифицированном варианте эта же фамилия может писаться как Колганова, но форма Ковганова закрепилась именно благодаря украинскому произношению исходного слова.