Фамилия Ковганко звучит как типичная украинская фамилия, и это первое, что бросается в глаза. Суффикс -ко в украинской ономастике — один из самых распространённых патронимических показателей. Он указывает на происхождение от человека по имени или прозвищу: Ковганко — это буквально «маленький Ковган» или «сын Ковгана».

Основа фамилии — прозвище Ковган. Тут есть два основных варианта объяснения. Первый — от украинского глагола «ковгати», что значит «ковылять», «идти вразвалку» или «медленно передвигаться». Человек с такой походкой мог получить прозвище Ковган. Второй вариант — от диалектного слова «ковган», которое в некоторых говорах обозначало неуклюжего, неповоротливого человека или, наоборот, того, кто делает всё медленно и основательно. Менее вероятна, но возможна связь с польским kowgan — «кузнечик», но это скорее народная этимология.

Географически фамилия Ковганко чаще всего встречается в центральных и восточных областях Украины, особенно в Черкасской, Полтавской и Киевской. В России она редка и обычно связана с переселенцами с Украины в XIX–XX веках. В белорусском языке суффикс -ко тоже встречается, но там форма была бы скорее Каўганка, что указывает на местный вариант произношения.

Интересно, что фамилия не имеет дворянских корней — это типичная крестьянская или казацкая фамилия. В реестрах Запорожского войска или метрических книгах XVIII века мог значиться казак Ковган, а его потомки уже записывались как Ковганко. Сословного барьера не было: суффикс -ко одинаково работал и для крестьян, и для мещан.

Сравните с однокоренными фамилиями: Ковган (без суффикса), Ковганюк (с другим патронимическим суффиксом -юк, характерным для Волыни и Полесья), Ковганенко (с суффиксом -енко, распространённым на Левобережье). Все они восходят к одному прозвищу, но различаются региональными моделями образования. Ковганко — скорее всего, из центральной Украины, где суффикс -ко был основным способом обозначения «сына такого-то».