Фамилия Ковганец — редкий случай, когда географию происхождения можно определить почти наверняка. Суффикс -ец в восточнославянских фамилиях чаще всего указывает на выходца из определённой местности: «откуда-то родом». В отличие от суффикса принадлежности (-ов, -ин), он не говорит о том, чей ты сын, а называет тебя по месту, с которым тебя связывали. Носитель фамилии Ковганец — это человек, пришедший из села или хутора с названием Ковган, Ковганы или Ковганцы.

Основа фамилии — ковган. Скорее всего, это прозвище, образованное от глагола «ковгать» или «ковылять». В южнорусских и украинских говорах так говорили о человеке, который ходит вразвалку, прихрамывает или косолапит. Прозвище Ковган могли дать тому, у кого была заметна хромота или особая, неуклюжая походка. Вполне бытовая, «деревенская» черта, которая закреплялась за человеком и переходила к его потомкам.

Есть и вторая, более спокойная версия: «ковган» могло быть вариантом слова «ковш» или «ковганка» — так в некоторых регионах называли деревянную посудину, черпак. Тогда прозвище относилось к ремеслу: бондарю, изготовителю утвари, или просто к человеку, который любил плотно поесть. Однако первая версия — с хромотой — встречается в ономастических источниках чаще, так как прозвища по физическим особенностям были одними из самых распространённых.

Таким образом, фамилия Ковганец прошла два этапа: сначала человек получал прозвище Ковган (по походке или роду занятий), а затем, когда его дети или он сам переселялись в другое село, за ними закреплялось указание «откуда родом» — Ковганец. Это типичная модель для фамилий украинского и белорусского пограничья, где суффикс -ец был особенно активен. Встретить носителей фамилии можно в Гомельской, Черниговской и Сумской областях, а также среди переселенцев в Сибири и на Дальнем Востоке.