Фамилия Ковганенко — характерный пример украинской фамилии, образованной по продуктивной модели с суффиксом -енко. В украинской ономастике этот патронимический суффикс означает «сын» или «потомок», то есть Ковганенко — «сын Ковгана». Если в русской традиции распространены фамилии на -ов/-ев и -ин, то на востоке и юге Украины фамилии на -енко (Гончаренко, Шевченко, Коваленко) составляют целый пласт, и Ковганенко стоит в этом же ряду.

Основа фамилии — личное прозвище или имя Ковган. Его происхождение чаще всего связывают с украинским словом «ковган», которое имеет несколько значений. Первое и наиболее вероятное — «ковганка», то есть вид деревянной колотушки, молотка или киянки, которой пользовались сапожники, бондари или плотники. В таком случае прозвище Ковган мог получить человек, занимавшийся соответствующим ремеслом — сапожник или бондарь. Второе значение — диалектное «ковган» как «ковыряние», «копание», что могло относиться к медлительному или въедливому человеку.

Есть и более редкая версия, что Ковган — вариант тюркского имени Кобан или Ковган, которое встречалось среди запорожских казаков. В реестрах Войска Запорожского XVII века попадаются прозвища с похожей основой, что не удивительно: украинские фамилии нередко вбирали в себя тюркские элементы из-за соседства с Крымским ханством и ногайцами. Однако для Ковганенко эта версия менее обоснована, чем ремесленная.

Географически фамилия тяготеет к центральным и восточным областям Украины — Полтавщине, Черкащине, Киевщине, а также к югу России, куда переселялись украинские крестьяне в XVIII–XIX веках. В Беларуси и Польше она почти не встречается. Социально носители фамилии относились к казачеству или крестьянству: патронимическая модель на -енко была особенно популярна в среде свободных людей, а не крепостных, поэтому предки Ковганенко, скорее всего, были либо казаками, либо государственными крестьянами.

Стоит заметить, что в русском языке фамилию иногда путают с Ковганенков или Ковганенко-Ковган — в документах XIX века встречаются двойные формы, когда писарь добавлял русский суффикс -ов к украинской основе. Но исходный вариант именно Ковганенко, без дополнительных наращений. Если в вашем роду сохранилось предание о сапожном или бондарном ремесле, это прямое подтверждение прозвищной версии.