Фамилия Ковгановы (в мужском роде — Ковганов) образована от личного прозвища Ковган. Это прозвище, скорее всего, связано с украинским словом «ковганка» — так называли деревянную ступу для толчения сала. Следовательно, основатель рода мог быть ремесленником, который изготавливал хозяйственную утварь, и его прозвали по инструменту труда.

Однако есть и вторая версия, не менее правдоподобная. В основе фамилии может лежать нарицательное «колган». По словарю В. И. Даля, «колган» — это «грубой выделки посудина, разного вида». В этом случае прозвище Колган (а затем, в произношении, Ковган) мог получить либо мастер, делавший такую посуду, либо человек, у которого в хозяйстве использовалась грубая, недорогая утварь. Оба объяснения указывают на бытовую, ремесленную среду, без связи с высоким сословием.

Словообразовательная модель проста и типична для русских фамилий: к основе прозвища Ковган добавился патронимический суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — Ковганов, то есть сын Ковгана). Форма множественного числа Ковгановы традиционно обозначает весь род или семью.

Точное место и время возникновения фамилии установить сложно — процесс становления фамилий на Руси был долгим и неоднородным. Но можно уверенно сказать, что фамилия Ковгановых — памятник славянской народной культуры, сохранивший в себе забытое ремесленное слово.