Фамилия Ковтунова образована от прозвища Ковтун. Оно восходит к украинскому слову «ковтун», которое переводится на русский язык как «колтун». Таким образом, прозвище Ковтун мог получить больной человек. Кроме того, в некоторых сибирских говорах слово «ковтун» употреблялось в значении «пельмени». Поэтому фамилия Ковтунова может указывать на род деятельности предка. Исхлдя из этого можно предположить, что родоначальник Ковтуновых был повором. Согласно другой версии, Ковтун – это «охранительное» имя, которое родители дали ребенку в надежде, что он не заболеет. В данном случае, надеясь иметь красивого и здорового мальчика, родители назвали его Ковтуном. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Ковтун, со временем получил фамилию Ковтунова.