Фамилия Ковтуновский образована от прозвища Ковтун. Основа фамилии — украинское слово «ковтун», которое на русский язык переводится как «колтун». Так называли спутанные, сбившиеся в комок волосы, которые в народной медицине считались болезнью. Следовательно, прозвище Ковтун мог получить человек, страдавший этим недугом. Однако это лишь одна из версий происхождения.

В некоторых сибирских говорах слово «ковтун» имело совершенно другое значение — «пельмени». Если опираться на эту версию, фамилия Ковтуновский относится к «профессиональным» именованиям, указывающим на род деятельности предка. Он мог быть поваром, искусно готовившим пельмени, или просто большим любителем этого блюда, за что и получил свое прозвище.

Существует и третья версия, связанная с народными традициями имянаречения. В старину родители нередко давали детям «охранительные» имена — обереги. Считалось, что, назвав сына Ковтуном, семья защищает его от болезни: надеясь вырастить красивого и здорового мальчика, ему давали имя, прямо противоположное желаемому качеству. Со временем прозвище Ковтун закрепилось в качестве основного именования, а затем легло в основу фамилии Ковтуновский.

Суффикс -ский указывает на то, что фамилия сформировалась в среде польской или украинской шляхты, а позже распространилась среди крестьянства и духовенства. Такие фамилии часто указывали на принадлежность к определенной местности или роду. В данном случае Ковтуновский — это буквально «сын Ковтуна» или «человек из рода Ковтунов».