Фамилия Ковтунов образована от прозвища Ковтун. Оно восходит к украинскому слову «ковтун», которое переводится на русский язык как «колтун». Таким образом, прозвище Ковтун мог получить больной человек. Кроме того, в некоторых сибирских говорах слово «ковтун» употреблялось в значении «пельмени». Поэтому фамилия Ковтунов может указывать также на определенные внешние особенности предка (полноту и приземистость) или его характер (леность, неповоротливость). Согласно другой версии, Ковтун – это «охранительное» имя, которое родители дали ребенку в надежде, что он не заболеет. В данном случае, надеясь иметь красивого и здорового мальчика, родители назвали его Ковтуном. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Ковтун, со временем получил фамилию Ковтунов.