Фамилия Ковяткин — одна из тех, где сразу бросается в глаза редкий суффикс. Обычно фамилии на -кин образуются от имён или прозвищ, оканчивающихся на -а или -я (Петя — Петькин, Коля — Колькин). Но здесь основа не «Ковята», а «Ковятка» — и это сразу указывает на уменьшительно-ласкательную форму.

Сам корень — ковят- — скорее всего, восходит к древнерусскому имени Ковята, которое, в свою очередь, является производным от Ковыль или Ковыла. В старину ковылём называли не только степную траву, но и человека с длинными, развевающимися волосами или худощавого. Есть и другая версия: в некоторых говорах «ковылять» означало «хромать» или «идти вразвалку», так что прозвище Ковыла могли дать человеку с характерной походкой. Имя или прозвище Ковята — это ласковый вариант, как Миша от Михаил, но только в народной, нецерковной традиции.

Суффикс -ат- в основе (Ковятка) характерен для северных и центральных русских говоров, где так образовывали бытовые имена: Ковятка, Ковятко. Фамилия Ковяткин, таким образом, означает «сын Ковятки» или «потомок человека по прозвищу Ковята». Модель образования типична для XVI–XVII веков, когда фамилии на -ин закреплялись за крестьянскими и посадскими родами — дворянство чаще использовало -ов/-ев.

Встречаемость фамилии низкая, что говорит о её локальном происхождении. Скорее всего, предки Ковяткиных жили в одном из регионов Верхнего Поволжья или Приуралья, где сохранялись архаичные формы имён. В письменных источниках фамилия не фиксируется в боярских списках и не связана с известными историческими персонажами — это чисто народная, «земледельческая» фамилия, которая возникла из прозвища, данного за внешность или манеру ходить.