Фамилия Ковякин — яркий пример того, как в русском именослове сохранились прозвища, образованные от слов, уже ушедших из живого языка. Её основа — «ковяка». В словарях это слово фиксируется в двух значениях, и оба ведут к одному смысловому полю. Первое — «неуклюжий, неловкий человек», второе — «вялый, медлительный». В любом случае, прозвище Ковяка давали человеку с неторопливым, возможно, флегматичным нравом или не слишком расторопному в делах.

Суффикс -ин в этой фамилии указывает на принадлежность: «чей сын?» — Ковякин, то есть сын или потомок Ковяки. Такая модель типична для центральных и северных регионов России, где фамилии на -ин образуются от основ на -а, -я. В южных и восточных областях чаще встречается вариант Ковяков — с суффиксом -ов, но именно форма Ковякин закрепилась как более распространённая.

Интересно, что слово «ковяка» родственно глаголу «ковылять» — то есть идти с трудом, переваливаясь. В диалектах встречается и вариант «ковыка» — так называли человека с хромотой или неверной походкой. Поэтому не исключено, что прозвище могло относиться не только к характеру, но и к физической особенности. Это делает фамилию Ковякин близкой по смыслу к таким прозвищным фамилиям, как Хромов, Ломакин или Шаркаев.

Встречается фамилия в основном в центральной России и Поволжье. Сословных ограничений у неё не было: Ковякины могли быть и крестьянами, и мещанами. В дореволюционных переписях и метрических книгах эта фамилия попадается в Нижегородской, Владимирской и Костромской губерниях. Судя по частоте, это не редкая, но и не распространённая фамилия — её носители живут компактно, в основном в тех же регионах, где она возникла несколько столетий назад.