Фамилия Ковыня — редкий случай, когда суффикс -ыня работает не как уменьшительная форма, а как прозвищный показатель. В русской ономастике такой формант встречается нечасто: он характерен скорее для украинских и белорусских фамилий (сравните Ковыль, Ковылка и Ковыня). Основа здесь — ковыль, ковылять или ковырять, и от того, какой смысл вкладывали в прозвище, зависит вся история фамилии.

Самая прямая версия: прозвище Ковыня дали человеку с характерной походкой — тому, кто «ковыляет», то есть ходит вразвалку или прихрамывает. В говорах слово «ковыня» могло означать и неуклюжего, медлительного человека. Вторая, менее очевидная гипотеза — связь с диалектным «ковырять» (делать что-то медленно, копаться). Тогда Ковыня — это прозвище кропотливого или, напротив, нерасторопного работника.

Суффикс -ыня в русских фамилиях почти не образует отчества, зато типичен для прозвищ, которые затем закрепились как фамилии без дополнительных суффиксов. То есть Ковыня — это не «сын Ковыни», а сам носитель прозвища. В украинской традиции такие фамилии на -ыня встречаются чаще, что указывает на возможное южнорусское или малороссийское происхождение рода.

Есть и третья, более спорная версия: от названия растения ковыль. Но в этом случае логичнее было бы ждать фамилию Ковыль или Ковылев. Форма Ковыня могла возникнуть как прозвище человека, похожего на сухой, колючий ковыль — то есть худого, жилистого, с торчащими волосами. Однако это предположение уступает первой версии по убедительности: семантика движения в основе фамилий встречается намного чаще, чем растительные метафоры.

Географически фамилия Ковыня фиксируется преимущественно в западных и южных областях России, а также в Беларуси. Встречается она редко, что говорит о локальном происхождении — скорее всего, от одного прозвища, данного в конкретной деревне или хуторе. Сословно предки могли быть крестьянами или казаками, поскольку прозвища такого типа редко давали дворянам.

В итоге: Ковыня — это фамилия-прозвище, возникшая из особенности походки или характера, без отчества и без дополнительных суффиксов. Её носитель — не чей-то сын, а сам человек с яркой бытовой характеристикой, закрепившейся за родом.