Фамилия Ковиня — редкий случай, когда основа не бросается в глаза даже опытному ономатологу. С первого взгляда хочется увидеть здесь украинский или белорусский суффикс -еня, который встречается в фамилиях вроде Коваленя, Козленя, и означает «сын такого-то» или «детёныш». Но тогда корень «Ков-» должен быть прозрачным, а он как раз тёмен.

Наиболее правдоподобная версия отводит нас к диалектному глаголу «ковынять» или «ковынять». В северных и сибирских говорах это слово означало «ковылять», «идти медленно или прихрамывая», а также «мешкать», «делать что-то неловко». Человек с такой походкой или манерой работы легко получал прозвище Ковыня. Со временем звук «ы» мог редуцироваться или перейти в «и» — это естественный процесс в живой речи, особенно если фамилия записывалась на слух малограмотным писарем. Тогда финальное -я — не суффикс отчества, а окончание, которое застыло в именительном падеже.

Вторая версия, менее убедительная, связывает фамилию с польским kowina (кузница) или kowal (кузнец). Но тогда форма скорее была бы Ковиньский или Ковинь, а не Ковиня. Для прямого заимствования из польского фамилия звучит слишком по-русски.

Модель образования здесь нестандартная. Фамилия не вписалась в типичные схемы на -ов/-ев или -ин, которые охватили 60–70% русских фамилий. Ковиня осталась в той архаичной группе, где прозвище перешло в фамилию почти без изменений — как Сорока, Шестак, Беда. Такие фамилии чаще встречались на севере и северо-западе России (Архангельская, Вологодская области), где дольше держались старые модели именования.

Географически фамилия крайне редкая. В современных базах данных её носители единичны, и проследить единый очаг распространения сложно. Возможно, она и вовсе угасла или перешла в другие формы.

Таким образом, предок носителя фамилии Ковиня, скорее всего, был человеком, которого в деревне прозвали за неторопливость или прихрамывающую походку. Прозвище закрепилось за родом и дошло до нас в почти первозданном виде, без стандартных суффиксов, чем и ценно для историка языка.