Фамилия Кояле — редкий случай, когда географическое происхождение почти наверняка перевешивает любую другую версию. Скорее всего, перед нами фамилия финно-угорского происхождения, бытующая на северо-западе России, в Карелии или среди ингерманландских финнов. Основа «коя» восходит к карельскому или финскому koja — «шалаш», «временное жильё», «кузница» (в архаичном значении «постройка»). Суффикс -ле (-la, -lä) — типичный патронимический или топонимический формант для этих языков, означающий «место», «жители» или «принадлежащий». Таким образом, Кояле можно перевести как «из Коя» или «сын человека из шалаша» — прозвище по месту жительства или по занятию (строитель, кузнец, владелец починка).

В русской письменной традиции фамилия могла закрепиться через метрические книги лютеранских приходов, где финские фамилии часто записывали на слух. Вариант Кояле (вместо ожидаемого Кояла) указывает на западный диалект, где окончание -lä в родительном падеже могло перейти в -ле, или на описку писаря. Другая, менее вероятная версия — тюркская основа: от «кой» (овца) и аффикса -ле («овцевод»). Но для тюркских фамилий характерна модель на -ев/-ов, а не на -ле, поэтому финно-угорское объяснение надёжнее.

В дореволюционных источниках фамилия почти не встречается за пределами Олонецкой губернии и Выборгской губернии (территория современной Ленинградской области и Карелии). Носители, скорее всего, были крестьянами или мелкими ремесленниками — никакого дворянского или купеческого следа у Кояле не прослеживается. Фамилия не получила распространения в центральной России и осталась локальной, что и объясняет её редкость сегодня.