Фамилия Койчубекова — женская форма фамилии Койчубеков. Её основа — тюркское мужское имя Койчубек. Чтобы понять значение, разберём имя на два корня: «койчу» и «бек».

Первая часть, «койчу», восходит к тюркскому слову, означающему «пастух» (от «кой» — овца). Вторая часть, «бек», — широко распространённый тюркский титул, обозначающий князя, господина, предводителя. Таким образом, имя Койчубек буквально переводится как «князь-пастух» или «господин пастухов». Это сложное имя, характерное для тюркских народов Средней Азии (киргизов, казахов, узбеков), где подобные двухосновные имена с компонентом «бек» были популярны в прошлом.

Модель образования фамилии типична для русской традиции адаптации тюркских имён: к основе добавили русский патронимический суффикс -ов (в женской форме -ова). Фамилия указывает на происхождение от человека по имени Койчубек. Скорее всего, предок носителя фамилии был уважаемым человеком в своём роду — возможно, старшим пастухом или скотоводом, которого за его опыт и положение называли «беком» среди пастухов. Впрочем, имя могло быть и чисто пожелательным: родители давали его сыну, надеясь, что он станет «князем» в своём деле, будь то скотоводство или иное занятие.

Фамилия Койчубекова — нечастая, её географическая привязка в основном к регионам, где проживают тюркские народы, а также к диаспорам в России. Встречается в Киргизии, Казахстане, а также на юге Сибири и Урале, куда переселялись кочевники. Из-за редкости фамилия не попала в массовые справочники, но её этимология прозрачна и типична для целого пласта тюрко-русских фамилий, образованных от социально значимых прозвищ.