Фамилия Койчугулов — один из тех случаев, когда на слух угадывается тюркская основа, но точное значение приходится восстанавливать по крупицам. Корень фамилии восходит к тюркскому слову «койчу» или «койчугур». В большинстве тюркских языков «кой» означает «овца», а «койчу» — пастух, овчар. Аффикс «-гур» мог указывать на деятеля или на обладателя признака. Таким образом, наиболее прямое толкование — «пастух», «овцевод». Это занятие было одним из главных в кочевом и полукочевом хозяйстве, и такое прозвище давали не просто по профессии, а как родовое имя для семьи, чей промысел был связан с овцеводством.

Модель образования фамилии тюркская, но с русским оформлением. Основа «Койчугур» (или «Койчугул») получила типичный русский суффикс принадлежности «-ов», который в этом регионе часто добавляли к тюркским основам при переходе в русскую фамильную систему. Это значит, что предок носителя фамилии носил прозвище или имя Койчугур, а его потомки стали Койчугуловы. Суффикс «-ов» в данном случае не указывает на славянское происхождение, а лишь фиксирует факт, что фамилия оформлялась в русском делопроизводстве, скорее всего, в XIX веке.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где издавна смешивались тюркские и русские традиции: Поволжье (особенно Башкортостан, Татарстан, Оренбуржье), а также Северный Кавказ и Казахстан. Встречаются варианты написания: Койчугулов и Койчугуров. Разница в окончании — «-ов» или «-ев» — могла возникнуть из-за особенностей местного произношения или канцелярской ошибки при записи. Второй вариант, Койчугуров, встречается реже, но оба считаются однокоренными.

В некоторых случаях корень «койчу» мог быть не профессиональным, а личным именем. В тюркской ономастике существовали охранительные имена, образованные от названий животных или занятий, чтобы отвести от ребенка злые силы. Имя Койчу — «пастушок» — могло быть таким оберегом. Однако, учитывая, что фамилия образована от полной формы с суффиксом «-гур», первая версия — происхождение от занятия — выглядит убедительнее. Это не дворянская фамилия, а типичная крестьянская или казачья, указывающая на род занятий предка в степи.