Фамилия Койкенов — редкий случай, когда корень почти наверняка уводит за пределы славянского мира, а суффикс, наоборот, крепко пришит к русской традиции. Основа «койкен» не имеет внятной этимологии в русских говорах: ни «койка», ни «кокать» не дают убедительного прозвища. Правдоподобнее всего тюркское происхождение.

В казахском и других тюркских языках «койкен» (или «көйкен») может означать «сгоревший», «выжженный» или относиться к названию местности. В ономастике распространён приём, когда прозвище по природному признаку (пожарище, гарь) переходило в родовое имя. Менее вероятно, но возможно, что в основе лежит личное имя Койкен — уменьшительная форма от более длинного имени с компонентом «кой» (баран, овца). В любом случае, исходное слово — не русское.

Суффикс -ов указывает на стандартную модель русификации: в XIX–XX веках, при переходе кочевых и полукочевых народов к оседлости и при документальном оформлении фамилий, тюркские основы часто получали русский патронимический суффикс. Так Койкен становился Койкеновым, а его дети записывались уже с этим окончанием. Географически фамилия тяготеет к регионам с сильным казахским и татарским влиянием — Оренбуржье, Западный Казахстан, юг Урала.

Важно не путать Койкенова с фамилией Койкин. У той другая основа — от «койка» (кровать) или от прозвища Койка, что ведёт к русским диалектам. У Койкенова же тюркский корень, а суффикс — чисто формальный, не несущий смысла. Таким образом, предки носителя фамилии с высокой вероятностью говорили на одном из тюркских языков, а прозвище получили либо по месту жительства (на гарях, на выжженной степи), либо по внешнему признаку. Сословной привязки нет: среди Койкеновых могли быть и скотоводы, и казаки, и крестьяне.