Фамилия Койшекенова — редкий пример, в котором географическое происхождение почти наверняка перевешивает все прочие версии. Её основа — мужское имя Койшекен, которое, в свою очередь, восходит к казахскому «койшы» (чабан, пастух овец) и аффиксу -кен, образующему ласкательные или уменьшительные формы. Таким образом, Койшекен — это не столько «пастух», сколько «пастушок», «сын чабана» или ласковое прозвище пастуха. Фамилия образована по русской модели притяжательного прилагательного с суффиксом -ов, адаптированным к женскому роду окончанием -а: «Чья? — Койшекенова».

Казахский компонент здесь первичен. Фамилия характерна для тюркоязычных народов, преимущественно казахов, и встречается в регионах с высокой плотностью казахского населения: Западно-Казахстанская, Атырауская, Мангистауская области, а также прилегающие районы России (Астраханская, Оренбургская области). В документах XIX — начала XX века, когда у кочевого населения начали массово фиксировать фамилии, имя Койшекен могли записать как отчество или родовое прозвище, а затем оно закрепилось за потомками.

Интересная деталь: в отличие от многих русских фамилий, где суффикс -ов указывает на принадлежность конкретному лицу, здесь он наложился на уже готовое имя, а не на прозвище отца. То есть, если в русской традиции «Иванов» значит «сын Ивана», то «Койшекенов» — это «из рода того, кого звали Койшекен», причём само имя уже несло указание на занятие предка. Поэтому предки носительницы этой фамилии с высокой вероятностью были скотоводами, чабанами в казахской степи, а сама фамилия — один из немногих живых следов, связывающих современного человека с кочевым укладом жизни.