Фамилия Койшыгарина — женская форма фамилии Койшыгарин, и её разбор стоит начать с мужского варианта, который несёт ключевую информацию. Фамилия Койшыгарин образована по типичной для тюркских языков модели: к основе прибавляется русский суффикс принадлежности -ин. Такие фамилии обычно давали по отцу: «чей?» — Койшыгарин, то есть сын (или потомок) Койшыгары.

Основа «Койшыгара» — сложное имя или прозвище. Его можно разложить на две части: «койшы» и «кара». В казахском языке «койшы» — это пастух овец, чабан. Вторая часть, «кара», многозначна. В тюркских именах «кара» часто означает «чёрный», но также «сильный», «великий», «народ», «земля» (в зависимости от контекста). В сочетании с «койшы» наиболее вероятное значение — «чёрный пастух» или «великий пастух». Прозвище Чёрный пастух могло указывать на внешность (смуглый, черноволосый) или на социальный статус — простой, но уважаемый человек, который пасёт большие отары.

Географически фамилия Койшыгарина почти наверняка имеет казахские корни. Суффикс -ин в тюркских фамилиях, как правило, появляется при русификации, когда в XIX–XX веках документы оформляли на русском языке. Мужчины писались как Койшыгарин, женщины — Койшыгарина. Это типичная модель для юга Казахстана и приграничных областей, где овцеводство было основным занятием.

Встретить фамилию можно и в написании Койшыгарин (мужской род), и Койшыгарина (женский). Вариант с буквой «ы» (вместо «и») указывает на точную передачу казахского произношения — через твёрдый гласный. Фамилия редкая: в базах данных России и Казахстана она представлена единичными записями, что говорит о её узком родовом происхождении, возможно, от одного предка-основателя.

Таким образом, предки носительницы фамилии Койшыгарина, скорее всего, были казахскими скотоводами, а само родовое имя возникло из прозвища чабана, которое со временем закрепилось как фамильное.