Фамилия Койшыманова — редкий пример фамилии, в основе которой лежит не просто имя или прозвище, а целая сложная конструкция из двух слов. Чтобы понять её происхождение, нужно разобрать её на части, и здесь мы сразу сталкиваемся с интересной особенностью: она образована не от одного корня, а от словосочетания, которое впоследствии срослось и стало восприниматься как единая основа.

Корень фамилии — тюркский, скорее всего казахский или киргизский. Первая часть, «койшы», восходит к слову «кой» (овца) и аффиксу профессии «-шы». Таким образом, «койшы» — это пастух, овчар, чабан. Вторая часть, «манов», может быть вариантом имени «Манап» (влиятельное лицо, бий) или производной от глагола «мануу» (быть, пребывать). Наиболее вероятная версия: фамилия образована от прозвища «Койшы-Манап» — «пастух-вождь» или «богатый пастух». Это не оксюморон, а скорее указание на социальный статус: в кочевых обществах скотоводство было основой богатства, и владелец огромной отары мог быть одновременно и пастухом, и уважаемым человеком.

С точки зрения словообразования, фамилия следует классической для тюркских языков модели: наращение русского патронимического суффикса -ов (в женском роде -а) к уже готовой основе. То есть сначала существовало прозвище Койшыманов (или Койшы-Манапов) для мужчины, а затем от него образовали фамилию для его потомков. Суффикс -ов здесь — не показатель русского происхождения, а признак того, что фамилия оформлялась в период активного влияния русской административной системы на тюркские народы (конец XIX — начало XX века).

В отличие от многих русских фамилий, которые образованы от крестильных имён или профессий через суффикс -ин/-ов, здесь мы видим редкий случай, когда основа уже сама по себе является сложным словом. Это сближает Койшыманову с такими фамилиями, как, например, Караманов (от «кара» — чёрный + «ман» — человек) или Баймагамбетов (от «бай» — богатый + имя Магамбет). Но если в тех случаях основа — имя с эпитетом, то здесь — профессия с социальным маркером.

Географически фамилия тяготеет к южным и западным регионам Казахстана, особенно к Жамбылской и Туркестанской областям, а также к Каракалпакстану. Встречается она и у киргизов, но реже. Поскольку фамилия редкая, а её носители в основном происходят из скотоводческих районов, можно с большой долей уверенности предположить, что предки современного носителя были чабанами, владевшими крупными отарами и пользовавшимися авторитетом в своей общине. Прямых документальных свидетельств о конкретном первом носителе, увы, не сохранилось — письменные источники по тюркской ономастике XIX века фрагментарны.