Фамилия Кожабаева образована от имени Кожабай. По одной версии, оно является диалектным вариантом имени Казибай (встречаются также формы Кожебай, Кожибай, Кажибай). Оно, в свою очередь, состоит из двух слов: «кази» - «судья» и «бай» - «богатый, господин». Однако существует и другая гипотеза, согласно которой первая часть этого имени восходит к слову «ходжа». Ходжа с древнеиранского переводится как «господин, наставник», в персидском имеет множество значений: хозяин, учитель и т.д.; в текстах XIII— XIV вв. Процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Кожабаевых можно лишь на основании генеалогических исследований.