Фамилия Козюбенко — характерный пример украинской фамилии, образованной по очень продуктивной для восточных и южных регионов модели. Её основа — прозвище или имя Козюба, к которому добавили суффикс -енко, означающий в украинском языке «сын» или «потомок». Иными словами, Козюбенко — это «сын Козюбы».

Сама основа Козюба — тёмное и неоднозначное слово, что делает фамилию особенно интересной для этимолога. Наиболее вероятная версия связывает её с диалектным украинским словом «козюба» — так в некоторых говорах называли корзину, кузов или плетёную сумку. В этом случае прозвище мог получить корзинщик, торговец корзинами или человек, носивший с собой характерную плетёную тару. Менее убедительна, но возможна связь с «козёл» (животное) или с уменьшительной формой имени Козьма (Козьма → Козюба), однако прямая фонетическая цепочка здесь прослеживается хуже: от Козьмы обычно образуются Козьменко, Козюля, но не Козюба.

Географически фамилия Козюбенко тяготеет к центральным и восточным областям Украины — Полтавщине, Черкащине, Киевщине, а также встречается в смежных районах России (Белгородская, Курская области), что объясняется историческими переселениями. Украинский суффикс -енко здесь указывает на происхождение рода из казацкой среды или крестьянства, где такие фамилии стали массово закрепляться в XVII–XVIII веках.

Редкость корня — главная отличительная черта Козюбенко. Если сравнивать с однокоренными фамилиями (Козюба, Козюбин, Козюбов), то Козюбенко встречается чаще, но всё равно остаётся относительно немногочисленной. В дореволюционных переписях она фиксируется преимущественно среди крестьян и мещан, без связи с дворянством.

Итог: Козюбенко — это украинская фамилия-патроним, образованная от прозвища Козюба (вероятно, связанного с корзиной или плетёным изделием). Предки носителя этой фамилии, скорее всего, были ремесленниками или крестьянами, жившими на территории современной центральной Украины.