Фамилия Козюбердин — редкая и необычная по звучанию, её происхождение не лежит на поверхности. Скорее всего, она образована от прозвища, которое, в свою очередь, состоит из двух частей: «козюб» и «ерда» или «ерд». Чтобы понять смысл, нужно разобрать эти элементы.

Первая часть, «козюб», — диалектное слово. В южнорусских говорах (например, курских, воронежских) «козюля» или «козюб» — это змея, чаще всего гадюка. В других областях «козюля» могла означать и ухват для горшков, и косулю (соху), и даже нелюдимого человека. Но в основе прозвища «Козюберда» скорее лежит именно «змея» — слово с яркой, запоминающейся окраской. Вторая часть, «-берда», может быть искажённым вариантом от «ерда» или «ердить» — в диалектах это значит «упрямиться», «перечить», «задираться». «Ерда» — это вздорный, сварливый человек. Таким образом, прозвище Козюберда могло означать «злой, как змея, и сварливый» — прозвище по характеру, данное не в комплимент, а для точной характеристики.

Суффикс «-ин» в фамилии Козюбердин — классический притяжательный суффикс, указывающий на принадлежность: «чей?» — «сын Козюберды». Такая модель была распространена в Северной и Центральной России, а также среди служилого дворянства и крестьянства. Фамилия закрепилась за потомками человека с таким прозвищем.

География фамилии довольно узкая. По данным открытых источников, основные очаги Козюбердиных — юг России: Ростовская область, Краснодарский и Ставропольский края. Это косвенно подтверждает южнорусское происхождение прозвищной основы «козюб» (змея). Встречается фамилия и в Сибири, куда её могли занести переселенцы с юга.

В отличие от многих фамилий, образованных от крестильных имён (Иванов, Петров), Козюбердин — чисто прозвищная. Она не связана с церковным календарём. Предок-носитель этого прозвища, вероятно, был человеком с непростым, «ердистым» нравом, которого за глаза прозвали «как ту змею» — колко, метко и навсегда. Никаких сведений о дворянском происхождении или принадлежности к известным родам у этой фамилии нет — это типичная крестьянская или казачья фамилия, родившаяся в народной среде.